Demi mewujudkan visi, misi, dan tujuan tersebut, IMTAQ Isy Karima memfokuskan kurikulumnya hanya kepada tahfizhul Qur’an dan ujian 30 juz, hafalan hadits-hadits yang dipilih dari kitab-kitab hadits pilihan (Al-Arba’in An-Nawawiyah, Bulughul Maram, Umdatul Ahkam, dan Riyadus Shalihin), pembelajaran dan pendalaman ilmu-ilmu syar’i beserta alatnya (Bahasa Arab, Tafsir, Ilmu Hadits, Ushul Fikih dsb) dan hafalan matan-matan ilmiyah seperti Al-Manzhumah Al-Baiquniyah, Al-Ajurumiyah, Nazhm Al-Waraqat, Muqoddimah Al-Jazariyah, dan Urjuzah Mi`iyyah. Namun hafalan matan-matan ilmiyah tersebut disesuaikan dengan kemampuan dan beban tahfizh santri.
Pada tahun kedua, seluruh santri IMTAQ diwajibkan mengikuti Praktek Dakwah Lapangan selama 20 hari bulan Ramadan pada tempat yang ditentukan. Setelah menjalani masa pendidikan selama 3 tahun, santri IMTAQ diwajibkan untuk bertugas selama satu tahun pada tempat dan institusi yang ditentukan.
Untuk mendukung pendidikan akhlak maka santri IMTAQ diwajibkan mengikuti mabit setiap bulannya selama menjalani masa pendidikan di IMTAQ. Pada tiap minggu diadakan halaqoh taklim dengan pemateri asatidz yang mempunyai kafaah ilmiyah di bidangnya.